Funebrarum a été formé par le guitariste et légende du doom Nick Orlando (Evoken, Putrifact, Asmodeus) et le chanteur Daryl Kahan (Disma, guitariste d'Abazagorath, Citizens Arrest, Assück) en avril 1999 dans le but de créer du death metal old school lourd. Avec le membre d'Abazagorath et d'Evoken Dario Derna (également de Meat Shits, Infester) rejoignant le groupe à la batterie, la formation a enregistré sa première démo « Triumphant Ascent » plus tard la même année. Une cassette au son brut et rugueux qui a reçu de bonnes critiques de la part des maniaques de l'underground. Peu de temps après, Dario a quitté le(s) groupe(s) pour retourner vivre chez lui à Seattle.
Le noyau dur de la formation s'est consolidé avec l'arrivée du bassiste d'Abazagorath David Wagner, apportant des basses subatomiques. Cette première formation a été finalisée avec l'ajout du batteur Brian Jimenez (Eschaton, Kalopsia). Après plusieurs mois de répétitions et de concerts, le groupe est entré en studio pour enregistrer sa démo « Tombs of Sleeping Darkness », qui est finalement sortie sous la forme de l'album « Beneath The Columns of Abandoned Gods » chez Necroharmonic Productions.
Après l'enregistrement de « Tombs of Sleeping Darkness / Beneath... », Brian Jimenez a quitté le groupe pour se consacrer à d'autres projets. Nick, Daryl et Dave ont continué à travailler et à écrire de nouveau matériel pendant cette période.
En 2003, avec le batteur de session Justin De Torre, ils ont réenregistré du matériel pour leur sortie officielle suivante, l'EP 7 pouces « Dormant Hallucination », pour Midnight 666 Records.
Une fois de plus, Funebrarum a reçu d'excellentes critiques du monde entier. Metal Side Zine a qualifié le groupe de « Maîtres du death metal old school ». L'année suivante, « Beneath the Columns of Abandoned Gods » a été réédité par le label culte Necroharmonic Records.
En 2005, le batteur Shawn Eldridge (Abysmal Gates) a rejoint le groupe, le ramenant en studio.
